Le osservazioni effettuate con i telescopi dell'ESO hanno portato a una serie di scoperte astronomiche e, nel corso degli anni, sono state responsabili di alcune scoperte fondamentali. Di seguito un elenco delle 10 principali scoperte astronomiche dell'ESO ad oggi.
Diversi telescopi di punta dell'ESO sono stati impiegati in uno studio durato 16 anni per ottenere la visione più dettagliata possibile dell'ambiente che circonda il mostro nel cuore della nostra galassia, un buco nero supermassiccio.
Due gruppi di ricerca indipendenti, utilizzando osservazioni di esplosioni stellari, tra cui quelle ottenute con i telescopi dell'ESO a La Silla e Paranal, hanno dimostrato che l'espansione dell'Universo sta accelerando. Questo risultato è valso il Premio Nobel per la Fisica 2011.
Il pianeta a lungo cercato, denominato Proxima b, orbita intorno alla sua fredda stella rossa ospite ogni 11 giorni e ha una temperatura adatta alla presenza di acqua liquida sulla sua superficie. Questo pianeta roccioso è leggermente più massiccio della Terra ed è l'esopianeta più vicino a noi (e potrebbe anche essere il luogo più vicino ad ospitare la vita al di fuori del Sistema solare).
Nel 2014, ALMA, l'Atacama Large Millimeter/submillimeter Array, ha fornito importanti dettagli di un sistema solare in formazione. Le immagini di HL Tauri sono le più nitide mai scattate a lunghezze d'onda submillimetriche. Mostrano come i pianeti in formazione aspirino polvere e gas in un disco protoplanetario.
Il VLT ha ottenuto la prima fotografia diretta di un pianeta esterno al nostro sistema solare. Si tratta di un pianeta gigante, circa cinque volte più massiccio di Giove, che orbita attorno a una nana bruna a una distanza equivalente a 55 volte la distanza tra la Terra e il Sole.
Una batteria di telescopi dell'ESO in Cile ha rilevato la prima controparte visibile di una sorgente di onde gravitazionali. Queste osservazioni storiche suggeriscono che questo oggetto unico è il risultato di una fusione di due stelle di neutroni. Le conseguenze cataclismatiche di tali fusioni, eventi da tempo previsti chiamati kilonovae, disperdono nell'Universo elementi pesanti come l'oro e il platino.
Grazie al VLT è stato possibile analizzare per la prima volta l'atmosfera che circonda un esopianeta simile alla super-Terra. Il pianeta, noto come GJ 1214b, è stato studiato mentre transitava davanti alla sua stella ospite e parte della luce stellare passava attraverso la sua atmosfera. L'atmosfera è prevalentemente di vapore acqueo o dominata da dense nubi o foschia. Si tratta della prima misurazione diretta dello spettro di un esopianeta.
Il VLT ha rilevato per la prima volta molecole di monossido di carbonio in una galassia situata a circa 11 miliardi di anni luce di distanza, un'impresa impossibile da realizzare per 25 anni. Ciò ha permesso agli astronomi di ottenere la misura più precisa della temperatura cosmica in un'epoca così remota.
Gli astronomi che hanno utilizzato lo strumento HARPS dell'ESO hanno scoperto un sistema di almeno cinque pianeti in orbita attorno a una stella simile al Sole, nota come HD 10180. Hanno inoltre fornito prove della possibile esistenza di altri due pianeti, uno dei quali potrebbe avere la massa più bassa osservata finora. Il team ha anche scoperto che le distanze tra i pianeti e la loro stella seguono un andamento regolare, proprio come nel nostro Sistema Solare.
I telescopi dell'ESO hanno fornito la prova definitiva che i gamma-ray burst sono legati all'esplosione finale delle stelle massicce, rispondendo a una domanda che si poneva da tempo. Inoltre, uno dei telescopi dell'Osservatorio di La Silla è stato in grado di osservare, per la prima volta, la luce visibile emessa da un gamma-ray burst di breve durata, dimostrando che questa categoria di oggetti ha probabilmente avuto origine dalla violenta collisione di due stelle di neutroni durante la loro fusione.